start_here/chap4/install_rmarkdown.md

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title: "R Markdown 安装与配置" author: "hungerzs" date: "2016年6月8日" output: html_document: default pdf_document:

includes:
  in_header: header.tex
keep_tex: yes
latex_engine: xelatex

word_document: default

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)

R Markdown

本文档由R Markdown文件生成。R Markdown 是一种简单的标记语法，可以转换成HTML, PDF, and MS Word文档。 更多细节参考!

为什么要用RMarkdown

1.通过 Pandoc 将 Markdown 转化成 LaTex，再由强大的 LaTex 转换成 HTML、PDF、Word，理论上来说借助 LaTex 可以生成学术论文、期刊杂志、数据报告等规范格式的文档； 2.RMarkdown是R和Markd的结合体，可以在 Markdown代码中直接插入R代码块，并直接执行 R 语言代码，将结果数据和图形插入文档。这对于科技论文的写作是非常方便的。

安装 package rmarkdown

可以通过 RStudio 中的新建按钮创建 R Markdown 文件，此时可能提示安装 rmarkdown 包： install.packages(rmarkdown) 在R控制台安装组件。 安装完成后，新建文档R Markdown文件，从弹出的对话框选择文档标题、作者以及将要输出的文档格式。 点击Knit按钮编译生成文档，结果文档包含文档内容和R代码块的输出结果。 R代码块可以像这样嵌入文档：

summary(cars)

其中·是反引号，位于键盘的Esc键下方。

第一次按 Kint PDF（或 Kint HTML）按钮编译时可能出现错误：

Knit PDF : pandoc document conversion failed with error 43
可以通过安装 github 上最新的版本解决：

install.packages("devtools") # 如果以前没有安装 devtools 包
devtools::install_github("rstudio/rmarkdown")
第二个问题当是文档中有中文的情况，可能提示：

! Package inputenc Error: Unicode char \u8:年 not set up for use with LaTeX. Try running pandoc with --latex-engine=xelatex.
如果有中文，LaTex 引擎需要选择为 xelatex，可以通过下图的方式进行更改： 或者直接在文档头信息中加入：

output:
pdf_document:

latex_engine: xelatex

这样就可以正常输出为 PDF 文档了，但是会发现所有的中文全部都是空白，这个主要是 LaTex 的配置问题，中文需要中文字体来渲染，可以通过在文件头中引入 LaTex 文件进行配置：

output:
pdf_document:

includes:
  in_header: header.tex
latex_engine: xelatex

其中 header.tex 可以是：

\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{楷体}  % 字体可以更换
\setmainfont{Georgia} % 設定英文字型
\setromanfont{Georgia} % 字型
\setmonofont{Courier New}

Markdown syntax

1. 文本直接输入即可。
   
2. 文本后面跟随两个空格则另起一行。
   

包含绘图

可以这样嵌入图表:

plot(pressure)

注意 echo = FALSE 阻止在页面上显示代码，而只显示输出结果．