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原始文件
构建GitR工作环境
系统组成:一个项目托管系统,寄宿项目的主仓库。多个终端,存储个人仓库。主仓库用于项目文件的克隆,工单分发,个人仓库提交合并,交流讨论。终端可以是个人电脑、手机,也可以是观测站、样品分析仪器、传感器,这些仪器一般都会带有一台电脑,或者aduino、raspberry之类的超微电脑,用于数据录入,数据采集和预处理。
需要的软件:服务器端如何实现不需要普通用户关心;客户端不管是电脑还是数据采集设备,都需要一个git客户端软件;用于数据分析的电脑需要安装R和相关的函数包,如dplyr、ggplot2、rmarkdown等;推荐使用rstudio编辑和管理。
如果嫌安装配置麻烦,如rstudio对中文不太友好,可以使用服务器版,所有安装配置问题不用操心,拥有一个账号就行了,而且非常好用。换句话说,最极端的情况下,你只要有一个账号就一切OK,当然,你得有一台能联网的电脑。
对于一个几十人的组织而言,理想的配置是这样的。一台中高性能的服务器,可以自备,最好是租赁,如阿里云、华为云都行,他们会提供一个外部出口,价格一万元左右的就够用了。自备一个高性能服务器,安装rstudio server等相关软件,作为组织成员的工作空间。所谓高性能的服务器,其实只要一个好一点的台式机就可以了。
如果需要较大规模的计算,如土壤气象作物模拟,数据挖掘,可以利用本单位的个人计算机,共享部分闲置计算能力,建立集群(其实一般用不着)。要实现GitR项目管理和自动化,用docker建立swarm就可以了。这对每个成员的工作几乎没有影响,但却用这些旧计算机建立了一个强大的共同工作空间。我用两台微型计算机建立了一个最小的swarm集群,实现了负载均衡,实验证明这种共享模式是可行的。
GitR系统的实际建筑过程还是要费些周章的,具体的理论、方法、技巧三言两语也说不清楚。科研人员也不一定要搞清楚,否则就违背了GitR的初衷了。GitR的目标是让专业人员的精力集中到专业中去。当然,一个宏观大致的了解还是必须的,知其然也知其所以然,便于更好地应用。本教程的目的就是让您的对GitR有个大致的了解,尽量说的简单明白,让没有任何GitR基础的同学也有学习的兴趣,不至于被那些陌生的词汇吓跑。